De behandeling van de fysiotherapeut kan verschillende doelen hebben. Bijvoorbeeld het verbeteren van het bewegend functioneren, het in stand houden ervan en het voorkomen van nieuwe klachten. Soms zal hij ook patiënten begeleiden om met een beperking te leren leven en hem helpen om bijvoorbeeld weer aan het werk te kunnen.
De laatste jaren gaat veel aandacht uit naar de preventieve gezondheidszorg. De fysiotherapeut speelt een belangrijke rol in het voorkomen van ziekten en klachten. De fysiotherapeut baseert zijn werk zoveel mogelijk op wetenschappelijke inzichten en vertaalt die kennis in zijn praktijk.